所有的孕妇在刚开始妊娠时，均应做无症状菌尿的筛查。
对妊娠期间的急性膀胱炎和急性肾盂肾炎，建议使用头孢菌素(尤其是第二代及第三代头孢霉素)、氨基青霉素 β-内酰胺酶抑制剂或呋喃妥因，疗程为7日或7~14日。对于妊娠期间反复出现菌尿，或尿路感染反复发作的患者，建议每晚服用头孢氨苄(125~250mg）或呋喃妥因(50mg)直至分娩。对于妊娠期间，发生急性肾盂肾炎或难治性尿路感染的患者，妊娠结束后应进一步随访，并通过影像学检查，排除泌尿系统结构或功能的异常。
妊娠期间禁用氟喹诺酮类、四环素类、氨基糖苷类以及三羟甲基丙烷等抗生素。在妊娠晚期(最后3个月)避免使用磺胺类药物，以免增加胆红素脑病(核黄疸)的危险性。