甲状旁腺功能减退症最常见的病因是甲状腺手术损伤和自身免疫性损伤，其他还包括遗传因素以及其他因素。
1、手术因素，甲状腺手术是最常见的导致甲状旁腺功能减退的病因，甲状腺手术、甲状旁腺手术或者治疗头颈癌的颈部根治性手术均可造成甲状旁腺功能减退。
2、自身免疫因素，自身免疫性因素是甲状旁腺功能减退的第二大病因，免疫介导的甲状旁腺破坏通常引起永久性甲状旁腺功能减退。
3、遗传因素，婴儿和儿童可能出现甲状旁腺发育异常相关缺陷引起的遗传缺陷疾病，包括单纯性甲状旁腺功能减退、甲状旁腺功能减退合并先天性多系统异常、甲状旁腺功能减退合并先天性代谢异常以及甲状旁腺抵抗综合征。
4、其他因素，甲状旁腺破坏所致甲状旁腺功能减退，其病因包括甲状旁腺放疗和甲状旁腺贮积性、浸润性疾病，例如血色病、肝豆状核变性、肉芽肿或转移性癌，但都非常少见。